Árið 2009 tók Hitaveita Egilsstaða og Fella við rekstri fráveitukerfis sveitarfélagsins. Á Egilsstöðum og Fellabæ eru fjögur hreinsivirki ásamt þrem rotþróm. Skólphreinsivirkin anna ekki nema hluta af því magni sem er í kerfinu. Síðustu ár hefur HEF unnið að því að minnka vatn í fráveitulögnum með því að tvöfalda lagnir og veita regnvatni í opna skurði eða beint út af plönum. Stefna Fljótsdalshéraðs er að fráveitumál sveitarfélagsins byggi á umhverfisvænum lausnum sem skipi því í fremstu röð. Hefur því stjórn HEF samþykkt fjárfestingarstefnu til 10 ára þar sem unnið verði að því markmiði. Felur hún meðal annars í sér að reisa eina hreinsistöð, nægilega öfluga til að anna því magni sem kemur úr fráveitukerfinu.