Árið 2005 tók HEF við rekstri á vatnsveitum Fljótsdalshéraðs en þær eru fimm talsins þ.e. vatnsveitan á Egilsstöðum og í Fellabæ, Hallormsstað, Eiðum, Brúarási og Sænautaseli. Með tilkomu Múlaþings tóku HEF veitur við öllum vatnsveitum sveitarfélagsins og þá bættust við Vatnsveita Seyðisfjarðar, Vatnsveita Djúpavogs og Vatnsveita Borgarfjarðar.
Heilbrigðiseftirlit Austurlands (HAUST) annast reglubundið eftirlit með vatnsveitunum skv. reglugerð um neysluvatn.
Vatnsveitan á Egilsstöðum og í Fellabæ
Áður var vatnsveitan á Egilsstöðum og í Fellabæ tvö aðskilin veitusvæði en árið 2009 var tekið í notkun Vatnstökusvæðið við Köldukvísl á Eyvindarárdal. Þar eru þrjár borholur KVV-1, KVV-2 og KVV-3. Saman geta þessar þrjár holur skilað 65 l/s. KVV-1 hefur 12 l/s í afkastagetu, KVV-2 hefur 28 l/s og KVV-3 hefur 25 l/s. Vatnið er leitt af Eyvindarárdal í 7.400 m lögn að 620 tonna miðlunartanki á Selöxl í Egilsstaðaskógi. Tanknum er skipt upp í tvö 310 m3 hólf. Þessi vatnsveita þjónar öllu þéttbýli Egilstaða og Fellabæjar auk nærliggjandi sveita en angar dreifikerfisins ná nú inn vellina að Hjallaskógi, út Eiðaþinghá í Mýnes, í Fellum inn í Freysnes og norður í Hafrafell.
Vatnsveita Seyðisfjarðar
Vatnsveitan sækir vatn sitt í lón Fjarðarselsvirkjunar í Fjarðará. Áður var vatnið tekið beint úr lóninu en árið 2006 var tekið í notkun nýtt vatnstökufyrirkomulag þegar safnlögnum var komið fyrir undir sandsíu fyrir aftan grjótgarð í lóninu. Þaðan rennur vatnið í brunna á bakkanum og svo niður í hreinsistöð með fleiri sandsíum og gegnumlýsingu. Vatnsveitan þjónustar Seyðisfjarðarkaupstað ásamt nærliggjandi húsum.
Vatnsveita Djúpavogs
Vatnsveitan sækir vatn sitt í Búlandsá ofan úr Búlandsdal. Þar voru áður brunnar í skriðufótum norðan árinnar en þeir lögðust af þegar skriða féll á svæðinu árið 2010. Nú er vatnið sótt í lítið lón stíflu sem er í ánni. Vatnsveitan þjónustar Djúpavog auk sveitabæja nærri lagnaleiðinni.
Vatnsveita Borgarfjarðar
Vatnsveitan fær vatn sitt úr tveimur brunnasvæðum, annars vegar úr tveimur lindarbrunnum undir Kúahjalla og hinsvegar úr þremur lindarbrunnum fyrir ofan Engi. Vatnsveitan sér þéttbýlinu fyrir vatni, auk nærliggjandi sveitabæja sem eru Geitland, Engi, Bakki, Merki og Ós.
Vatnsveitan á Hallormsstað
Vatnsveitan þjónustar þéttbýli Hallormsstaðar og tjaldsvæði Lands og Skógar í Höfðavík. Vatn er tekið úr brunni í Staðará. Úr brunninum er dælt upp í miðlunargeymi sem staðsettur er í hlíðinni fyrir ofan við Hússtjórnarskólann. Í vatnstankinum er gegnumlýsing
Vatnsveitan á Eiðum
Vatnsveitan þjónar þéttbýliskjarna Eiða, ásamt Kirkjumiðstöðinni og sumarbústaðabyggð . Vatnstökusvæðið er staðsett norðan við endurvarpsstöð Ríkisútvarpsins. Þar eru þrjár borholur virkjaðar og er vatnið leitt í 120 m3 miðlunartank. Við miðlunartankinn er dæluhús. Borholurnar eru í um 80 - 300 metra fjarlægð frá vatnstanki.
Vatnsveitan Brúarási
Vatnsveitan þjónar Brúarásskóla, húsunum þar í kring og Sellandi. Vatnið er sótt í tvær borholur sem eru á lóð skólans, en þær sjá einnig varmadælu skólans fyrir vatni.
Vatnsveitan Sænautaseli
Vatnsveitan þjónar Sænautaseli við Sænautavatn og flokkast hún sem lítil vatnsveita matvælavinnslu. Vatnsbólið er í um 1 km fjarlægð frá Sænautaseli og er lindarbrunnur.